医学转录组测序-经典案例-威尼·至尊国际(中国)

医学转录组测序

Analyses of mRNA Profiling through RNA Sequencing on a SAMP8 Mouse
Model in Response to Ginsenoside Rg1 and Rb1 Treatment

期刊： Frontiers in Pharmacology
影响因子：4.400
发表单位：北京师范大学
发表时间：2017年8月

一、研究背景

人参皂苷Rg1（GRg1）和 Rb1（GRb1）广泛用于健忘症和阿尔茨海默的治疗。本研究顺利获得Morris水迷宫测试证实了两者对于缓解SAMP8小鼠记忆缺陷的有效性，并顺利获得转录组测序研究了其分子机理。

二、方法流程

取材

建库

测序

分析

分别取GRg1 (15 mg/kg/d)、 GRb1 (15 mg/kg/d)和蒸馏水处理4个月的SAMP8小鼠的大脑皮层，每组3重复。

3μgRNA去rRNA，构建链特异性cDNA文库。

Illumina HiSeq 4000

1、Morris水迷宫测试
2、差异表达基因鉴定
3、功能分析

三、研究结果

1.GRg1与GRb1能有效缓解SAMP8小鼠记忆缺陷症状
Morris水迷宫测试结果表明，相比正常小鼠，SAMP8小鼠存在明显的记忆缺陷，GRg1与GRb1处理能有效缓解该症状。
2.差异表达基因鉴定
顺利获得转录组测序探究GRg1与GRb1处理后转录本的变化情况。结果显示，共检测到74,885条转录本；其中GRg1处理后差异表达的转录本共1780条，GRb1处理后差异表达的转录本共1066条。
3.差异基因的功能分析
对差异转录本进行GO和KEGG分析发现，GRg1和GRb1 顺利获得促进神经系统发育和调节丝裂原活化蛋白激酶信号通路等多种途径来缓解SAMP8小鼠的认知障碍。